Es ist das passiert, vor dem alle Angst hatten: Das große Erdbeben hat Los Angeles verwüstet. Durch die Katastrophe ist die einstige Metropole komplett vom Wasser umschlossen.

Ein neuer Präsident ist an der Macht und hat die USA in eine erzkonservative Diktatur verwandelt. Jeder, der gegen die staatliche Ordnung verstößt, wird nach L. A. verbannt, denn nur die verwüstete Insel hält sich nicht an die Regeln des Regimes.

Hier herrscht der anarchistische Guerilla Cuervo Jones, der die Macht an sich gerissen hat. Doch ausgerechnet Utopia, die Tochter des Präsidenten, verbündet sich mit Cuervo. Bei sich trägt sie einen Plan ihres Vaters für ein düsteres Weltuntergangsszenario, das die Menschheit innerhalb weniger Sekunden auslöschen könnte. Beauftragt von den Leuten des Präsidenten wird Snake auf die Insel geschickt, um Utopia zu eliminieren.

Mit einem U-Boot wird er auf die Mission gebracht und erreicht so die einst so sonnige Stadt, die jetzt nur noch von Feuer und Gewalt beherrscht wird. Der schräge Map-to-the-Stars Eddie begleitet ihn und führt ihn genau in die Höhle des Löwen - als Gefangenen! Jetzt muß Snake beweisen, dass er sich wieder aus der Schlinge befreien kann ...