Doch dann berichtet Austins Chef Basil Exposition (MICHAEL YORK), dass Nigel von einem genialen Verbrecher gekidnappt worden ist ... na ja, genial kann man ihn kaum nennen, aber ein abgefeimter Superschurke ist er trotzdem: Goldständer (Mike Myers).

Weil Austin keinen Schimmer hat, wo sein Vater steckt, sucht er Rat bei einem unerwarteten Verbündeten: Wohl oder übel mußs er mit Dr. Evil (Mike Myers) einen Pakt schließen.

Sein Erzfeind sitzt in einem Hochsicherheitsgefängnis, seit Austin ihn vor drei Jahren eingebuchtet hat. Dr. Evil stellt eine Bedingung: Der Superagent soll veranlassen, dass Dr. Evil in ein weniger gesichertes Gefängnis verlegt wird, in dem Mini Me (Verne J. Troyer), Dr. Evils geliebter Clon, einsitzt.

Sobald Austin sich auf die Zeitreise begibt, um Nigel im Jahr 1975 aufzuspüren, fliehen Dr. Evil und Mini Me aus dem Knast. Austin trifft in der Vergangenheit seine alte Flamme Foxxy Cleopatra (Beyoncé Knowles) wieder - die ebenso unerschrockene wie durchgestylte Kriminalistin arbeitet undercover in Goldständers Disco, Club 69.

Bald ist Dr. Evil wieder in seinem Element: Er verbündet sich mit Goldständer - gemeinsam hecken die beiden ihren unfehlbaren Plan "Preparation H" aus, mit dem sie Austin aufhalten und die Welt vernichten wollen.

Noch weiß niemand, dass Austins Begegnung mit Dr. Evil ein Nachspiel von ungeahnten Ausmaßen haben wird: lange gehütete Geheimnisse werden gelüftet, durch die wir endlich begreifen, warum sich die beiden Todfeinde so unerbittlich bekämpfen.