Eines Tages kracht plötzlich in der Nähe des "Benbow Inn" ein Raumschiff auf die Erde. Mit letzter Kraft schleppt sich ein fremdartiges Wesen namens Billy Bones (Hans Teuscher) aus dem Wrack in die Taverne. Er übergibt Jim eine mysteriöse Truhe, in der sich nur eine Metallkugel befindet, und warnt ihn vor einem Cyborg - einem Wesen, halb Mensch, halb Maschine - der ihn verfolgt. Hilflos müssen Jim, Sarah und Dr. Doppler mit ansehen, wie der Fremde in ihrer Taverne sein Leben aushaucht. Doch schon landet ein weiteres Raumschiff hinter ihrem Haus und eröffnet das Feuer auf das "Benbow Inn". Die Taverne fliegt in die Luft, in letzter Sekunde gelingt es Jim, Sarah und Dr. Doppler, zu flüchten. Das einzige, was Jim retten konnte, ist die mysteriöse Metallkugel aus der Truhe. Doch diese Kugel soll Jims Bestimmung werden - in ihr verbirgt sich eine Karte, die den Weg zum Schatzplaneten weist ...

Für Jim und Dr. Doppler ist die Sache klar: Die beiden werden sich auf die Suche nach Käpt'n Flints legendärem Schatz machen! Im nächsten Weltraumhafen chartern sie ein Schiff. Die "Legacy" unter dem Kommando von Captain Amelia (Suzanne von Borsody bekommt den Auftrag die Schatzsucher an ihr Ziel zu bringen. Jim soll sich während der Reise in der Kombüse nützlich machen. Dort herrscht der Schiffskoch John Silver (Jochen Striebeck) - ein knurriger Cyborg, dessen ständiger Begleiter ein frecher Formwandler namens Morph ist. Jim erschrickt, als er den Cyborg zum ersten Mal sieht: Allzu gut erinnert er sich an die Warnung von Billy Bones ...

Schon bald bekommt Jim Ärger mit dem Matrosen Scroop (Oliver Stritzel). Doch bevor es zu einer handfesten Auseinandersetzung kommt, nimmt John Silver seinen Küchenjungen in Schutz und schlichtet den Streit. Dies scheint der Beginn einer Freundschaft zu sein. Jim kann jedoch nicht ahnen, dass Silver mit Scroop und den anderen Matrosen eine Meuterei plant.

Nach einer abenteuerlichen Fahrt ist der Schatzplanet endlich in Sichtweite und die Meuterei beginnt. Innerhalb kürzester Zeit übernehmen Silvers Männer das Kommando über das Schiff. In letzter Sekunde können Jim, Captain Amelia, Dr. Doppler und Morph von der "Legacy" flüchten und sich auf die Oberfläche des Planeten retten. Die Karte, die sie zum Schatz führen könnte, ist jedoch auf dem Schiff geblieben.

Jim macht sich auf, um den Schatzplaneten zu erkunden. Auf der Suche nach einem geeigneten Versteck begegnet er dem verwirrten, hyperaktiven Roboter B.E.N. (Mirco Nontschew). Auch wenn sich der Roboter als rechte Nervensäge erweist: Die Abenteurer finden Unterschlupf in seiner Höhle. Doch es dauert nicht lange, bis Silver und seine Männer das Versteck von Jim und seinen Freunden ausfindig gemacht haben. Die Piraten belagern die Höhle, und Silver stellt Jim vor ein Ultimatum: Wenn er nicht die Schatzkarte herausgibt, werden die Männer am nächsten Morgen das Feuer auf die Höhle eröffnen. Jim wird aufmerksam: Silver weiß also nicht, dass die Schatzkarte noch auf dem Schiff ist! Das ist Jims Chance - zusammen mit B.E.N. und Morph schleicht sich der Junge nachts wieder an Bord, um die Karte zu finden. Doch die Mission ist lebensgefährlich - einerseits, weil B.E.N. auf dem Schiff allerlei Unsinn anstellt, zum anderen, weil Scroop als Wache auf der "Legacy" geblieben ist. Es kommt zu einem gnadenlosen Kampf zwischen dem Freibeuter und dem Jungen. Aber nachdem B.E.N. die Schwerkraft auf dem Schiff kurzzeitig außer Kraft gesetzt hat, entschwebt Scroop auf Nimmerwiedersehen ins All.